壹、設置依據
一、 依據〈南島民族論壇章程〉第2條規定，論壇總部設於帛琉共和國、秘書處設於臺灣臺北。
二、 依據〈南島民族論壇章程〉第3條規定，南島民族論壇由下列機構組成：
（一） 執行委員會
（二） 秘書處
前項各款組織設立相關規定，由執行委員會另議定之。
貳、執行管理
一、執行委員會主席
二、秘書長
三、副秘書長
參、組織架構
一、執行委員會
依據〈南島民族論壇章程〉第7條及第8條規定，執行委員會係南島民族論壇之最高決策機構，由13至20人會員代表組成，為論壇之主要對外代表機構，負責監督管理論壇事務工作之進行。此外，執行委員會置主席1人，任期為4年，執行委員則由各會員推薦任命。
二、帛琉總部
依據〈南島民族論壇章程〉第2條規定，論壇總部設於帛琉共和國，係以國際非營利組織型態立案，且總部辦公室已於2019年9月30日完成啟用，設址於柯羅州葛瑪榮文化中心2樓，置副秘書長及業務秘書各1人。
三、臺北秘書處
依據〈南島民族論壇章程〉第9條規定，論壇應設立秘書處，置秘書長1人，實際掌理論壇事務工作之進行。為利相關業務之推行，秘書處依據「南島民族論壇六年計畫（2020年至2025年）」項下之五大策略領域，以語言文化為核心，向外執行區域產業發展、學術與政策研究、人力資源發展以及基礎型會務建構等工作。
四、工作小組
根據〈南島民族論壇章程〉第10條第5項規定，秘書長應於諮詢執行委員會並考量論壇會員之建議後，成立一個或多個論壇工作小組，並制定個別工作小組之組織及運作準則，以進行落實計畫及本論壇宗旨下之特定任務。
上開工作小組依其領域分為四組，分別為學術與政策研究、南島語族語言與文化交流、南島區域產業發展、人力資源發展。各領域小組應由至少3名南島民族論壇會員組成，並應由1名組長領導工作進行。
肆、任務執掌
一、 執行委員會
依據〈南島民族論壇章程〉第8條規定，執行委員會應至少每年開會一次或於秘書長諮詢執行委員會後決定之其他期間內召開，會議出席人數不得少於該屆人數之三分之一。前揭會議日期及地點於秘書長諮詢執行委員會後決定，並得以視訊會議方式進行。在有緊急或必要的情況下，主席得於任何時間召開執行委員會議。執行委員會之任務如下：
（一）審議論壇工作發展計畫；
（二）協調各地區官方部門、非政府組織、學術機構及民間團體，推展南島語族事宜；
（三）其他應經執行委員會審議及督導事項。
二、 論壇總部
論壇總部係以非營利組織之型態，於帛琉共和國完成合法立案作業，係南島民族論壇參與國際間原住民族重要會議（包括聯合國原住民族議題常設論壇等）之關鍵實體。除了常態性參與國際組織及會議之外，論壇總部之主要工作包括促進論壇會員間之協調聯繫、推動南島區域語言文化交流、籌組論壇工作小組，以及協助舉辦每年度之南島民族論壇會議等。
三、 秘書處
主要任務係依據「南島民族論壇六年計畫」之五大策略領域，遵照執行委員會所訂定之相關工作發展計畫之策略方針，執行論壇項下之相關事務性工作，重點項目包括成立專案團隊、南島語族政策相關研究、圖書翻譯出版、建立南島圖書資訊資料庫、南島區域部落組織合作、召開執行委員會議及論壇大會、辦理南島青年國際事務人才培訓等。
四、 工作小組
依據「南島民族論壇工作小組組織及運作準則」規定，工作小組按其領域，分為學術與政策研究、南島語族語言與文化交流、南島區域產業發展、人力資源發展等四大領域小組，由論壇會員分別依據其專長及意願參與。工作小組並得提供建議與策略，以增進永續發展為目標，提供初步報告予執行委員會。
