緣起
過去由考古學家彼得．貝爾伍德(Peter Bellwood)及語言學家白樂思(Robert Blust)所提出的相關研究，都印證南島語族的起源地就是臺灣。且從中華民國(臺灣)原住民族委員會歷年來所舉辦的南島民族國際會議及相關活動，都明顯看出臺灣原住民族與南島語族間高度親近的語言及文化，這是臺灣推動南島國際交流的重要基礎，而臺灣身為廣大南島語族的起源地，更肩負區域發展的重大責任。
此外，南島語族各區域族群基於相近系統的語言特徵，相似的生活環境、社會組織與生計模式、認知思想範疇，甚至是歷史過程所延伸發展出來的「南島文化」概念，為南島民族論壇設立之核心價值。
南島民族論壇的催生
2002年至2007年，中華民國(臺灣)原住民族委員會舉辦「南島民族傳統領袖高峰會議」後，開始與南島區域各個國家地區建立聯繫並且構思成立南島民族論壇常設組織，作為南島區域文化資產保存及永續合作發展的平臺。
其中，中華民國(臺灣)在2005年通過《原住民族基本法》，依據原基法第33條規定「政府應積極促進原住民族與國際原住民族及少數民族在經濟、社會、政治、文化、宗教、學術及生態環境等事項之交流與合作」。因此，原民會推動南島民族論壇的設立，可說是原基法的授權與落實。
2007年，時任原民會主委的夷將‧拔路兒Icyang‧Parod主委，大力推動成立常設組織，終於在2008年4月8日，中華民國(臺灣)與太平洋六國─吉里巴斯共和國、馬紹爾群島共和國、諾魯共和國、帛琉共和國、索羅門群島及吐瓦魯，以及菲律賓、紐西蘭，成功在帛琉設立南島民族論壇常設組織，惟組織因故未能順利運作。
重啟契機
2016年，中華民國(臺灣)蔡英文總統上任後，夷將Icyang主委銜命回任原民會主委，在新南向政策的驅動下，原民會再次提出「推動重啟南島民族論壇」的工作計畫。此外，2016年8月，中華民國(臺灣)三位立法委員（Kolas Yotaka、黃昭順及王惠美）出席「亞太國會議員聯合會（Asian-Pacific Parliamentarians’ Union, APPU）」，提案重啟南島民族論壇，獲得各會員一致支持並通過決議；原民會接續在2018年5月與南島區域12個國家地區的駐臺使節代表在臺召開「重啟南島民族論壇會前會」，會中決議要在當年的8月1日（該日為中華民國(臺灣)之原住民族日）重新啟動暫停運作10年的南島民族論壇。
重啟南島民族論壇
2018年8月1日，南島區域13個國家地區(中華民國(臺灣)、吉里巴斯共和國、馬紹爾群島共和國、索羅門群島、諾魯共和國、吐瓦魯、帛琉共和國、紐西蘭、菲律賓、馬來西亞、印尼、關島以及夏威夷)成功在臺重啟南島民族論壇，中華民國(臺灣)蔡英文總統、馬紹爾群島前任海妮總統、關島前任卡佛總督及帛琉女王皆親臨支持，會議盛大成功。
中華民國(臺灣)為支持南島民族論壇常設組織之設立，該國政府於2019年3月19日通過「南島民族論壇六年計畫 （ 2020年至2025年）」，做為推動論壇組織的基礎，本計畫總經費為7.39億元，共分為五大策略領域，是以語言文化為核心，向外延伸出－區域產業發展、學術與政策研究、人力資源發展以及基礎型會務建構等重要工作。
此外，論壇會員於2019年9月30日在帛琉共和國重新啟用暫停運作超過11年的總部辦公室，並在當日召開「執行委員會議」，會議決議各會員將齊心協力共同穩定落實各項工作計畫。
